工程预算如果是预算结算承包，审计的重点是核查乙方提出的设计变更资料是不是通过了原来设计部门的同意或是经过了甲方的签证，这里的重大设计变更有没有计划或者是主管部门的审批手续，变更工程量的计算是不是真实，套用定额与单价是不是合适且准确，设计变更的增减是不是同步，有没有巧立名目、自行定价、搭车收费的现象。预算加系数或是平方米等价已经承包，审计的重点原则上已经把预算的变动，加价系数等算在内，因此不应该再零星项目变动经济洽谈。如果是招标承包，审计的重点是结算应该按中标合同的标价执行，当然遇到特殊复杂工程可以调价，也要有补充的合同，否则就不应该在 的结算关头再另行加价。
工程预算编制三阶段如何进行：
①、做好招投标阶段的工程造价的控制，合理确定招标控制价，并根据投标报价来确定中标的工程造价。
②、科学确定承包合同价.
③、结算阶段的造价控制.
基建工程造价管理的作用：
1、合理使用人力、物力、财力和自然资源，缓解基建工程投资供需矛盾。
2、控制基建工程建设总规模，调节投资结构，防止盲目建没，重复建设。
3、加快工程建设速度，提高投资的经济效益和社会效益，加速基建工程建设投人产出的良性循环。
4、延长固定资产维修周期，减少维修开支，降低基建工程建设全寿命费用。
决策阶段控制工程预算的方法一般有：
1）进行多方案的技术经济比较，择优确定 建设方案；
2）建立科学决策体系，合理确定投资估算；
3）客观、认真的做好项目评价；
4）推行和完善项目法人责任制，从源头上控制工程项目投资。
工程预算编制过程要注意以下几点：
（1）了解工程的设计文件、技术文件、现场勘查情况和施工条件。
（2）按国际清单要求设定清单项目 ，准确表述工作内容与工作要求，规范使用计量单位。
（3）清单项目设置完整，不漏项。
（4）工程量计算必须准确，不然给投标人实施不平衡报价以可乘之机。
工程预算对分包工程进行全过程跟踪审计是提高分包工程内审质量的主要途径。本文主要通过对分包工程审计质量要素的分析，从内部审计的可操作性和务实角度，提出了在分包工程审计思路和方法，对分包工程内审质量的提高进行了探讨。分包工程作为总承包工程的一个重要组成部分，对分包工程进行全过程跟踪审计主要是以合同为主线，通过事前参与、事中监督、事后评价的全过程跟踪，抓住招标竞价、合同签约、现场变更、材料供应、竣工结算等重点审计要素，实现对分包工程的全过程跟踪审计。