工程预算阶段是工程造价审计把关的重要阶段，其主要工作是对工程竣工结算的审核。该项工作，主要是由工程审核人员根据合同、相关定额、竣工资料、 或地方的有关法规法规为依据，对送审的竣工结算进行汇总核实。工程决算的审核，核准的难点之一是工程项目隐蔽工程的签证。当前工程项目隐蔽工程签证，在审核的工程造价中，占有较大比重。隐蔽工程，由于施工后已难再见，无法实物核查，而终的审计人员只有依据相关资料及签证。
工程预算审计主要针对工程项目决算的，在一个建设项目竣工完成，建设单位与施工单位结算工程款时进行的。工程预算审计就是工程预算审核（审价），是工程预算咨询单位咨询业务的一部分。受业主委托对其工程项目的概算、预算及结算等，依据现行 政策法规、计价依据及相关工程技术资料对送审造价的工程量、单价及取费等进行逐项审核。在运用工程量清单计价模式进行工程预算审计工作时，可以从以下几个方面来进行：
承包工程合同签定不规范，工程结算计价难以确定。工程预算在审计过程中发现，建设、施工双方承包工程合同签订不规范。在签订合同时不按投标文件的内容逐一填写，尤其是建筑规模和中标价，存在少填或者不填的现象，给工程计价取费留下活口，目的是为了竣工后高报工程结算价格打下伏笔，使得原本十分严肃的合同失去约束作用，建设单位失去了对施工单位工程报价的有效监督，容易造成决算价格偏高。同时，给工程结算造价审核带来难度和风险。
工程预算审计主要是根据 有关法规和政策，依据 建设行政主管部门颁发的工程定额工料消耗标准、取费标准以及人工、材料、机械台班价格参数、设计图纸和工程实物量，工程预算的确认和控制进行有效的监督检查。在工程项目实施阶段，以承包合同为基础，在竣工验收后结合施工变更、工程签证的情况，作出符合施工实际的竣工造价审查结果，它是承发包双方结算的依据，也是工程决算的基础资料和依据。