工程预算利用工程定额规定的工作内容进行审查，验证工程决算工程量与定额中规定的工作内容是否一致来确定工程预算的真实性、合理性的一种审计技术方法。如某年我们对某单位一基建项目进行审计，从决算书中查出屋面防水工程子目中SBS防水以包含冷底子油的工作内容及其造价，施工单位报送的决算书中又单独计算冷底子油子目明显多计工程；由于SBS防水卷材铺贴时使用的是热熔法（北方），不需要在做沥青胶泥粘贴，甲方签证4mm的沥青胶泥不属实，SBS防水卷材在制造工艺中已含该部分内容，该建设项目工程决算重复工作内容报价、甲方违背原则不负责任签证工程预算核减10.6万元。
施工单位施工过程中对技术资料的未能完整归档或有意不建档，造成建设单位在工程竣工后无法建立完整的工程资料档案并按要求报送工程结算所需资料，从而使审计工作周期拉长、风险加大。这个问题也的确存在。不过，按照一般的情况，审计周期是按提供完整的资料开始计算的。除非你自己的要求没有到位，那也怨不得别人。什么叫风险加大？是你审计费用不够用了吧？既然做了审计这个行业，就要有这个思想准备，否则人家建设单位为什么出钱给你啊！建设单位缺乏工程技术专管人员和工程技术专业知识或工程技术人员职业道德水准不高，造成工程项目施工中不合规的变更签证增多，从而使得工程预算随意增大。
工程预算税费的比较公路工程利润计算方法是直接成本加上间接费用减去规费，费率为7.42％。市政道路工程利润是综合单价的组成内容，属于固定基准价格。公路工程和市政道路工程的税收计算方法是一致的，税费包括增值税、城市维护费及教育费附加，不同之处在于公路工程的税费是综合单价的组成部分，税率为9%，税费计算基数是不含进项税的，而市政道路工程的税费为按专业经过测算的综合税率，税费的计算基数是含进项税的。施工监理费用的计算依据是建安工程费，建设单位管理费用的依据是建安工程费，采用累进制进行计算。
工程预算审计以基建项目为标，包括资金来源、基建计划、前期工程、征用土地、勘察设计、施工实施的一切财务收支；工程预算审核以单位工种为标的，只对单位工程预算的合理负责。
审计与工程预算审核是两个截然不同的专业学科，审计以会计师、审计师为主；而工程预算审核以工程经济和工程技术人员为主。目前 正在实行注册造价工程师制度，今后的工程预算审核，将以造价工程师为主。
