工程预算政府投资项目结算中的高估冒算还比较普遍， “三超”现象严重 ，通过重点抽查审计，可以发现并纠正大量违法乱纪行为，从总体上有效遏制超计划投资，节约大量的政府财政资金。这种方法的优点是审计时间短、风险小、效果好，适合对标底、专项预算和工程量清单的审计。例如，在某工程预算进行审计时，发现程项目很多，投资较大 ，如要对每个项目都进行审计，将要耗费大量的时间和精力。针对这一情况 ，审计人员在制定审计实施方案时 ，决定采用重点抽查法进行本次工程预算审计。经排查 ，发现天花进口矿棉板报价80 元/ m2，这个价格比市场上同类产品高出许多。
工程预算暂列金额是指在招标工程量清单中暂定并包括在工程合同价款中的款项。用于施工合同签订时尚未确定或者不可预见的所需材料、工程设备、服务的采购，施工中可能发生的工程变更、合同约定调整因素出现时的工程价款调整以及发生的索赔、现场签证确认等的费用。暂列金额由发包人根据拟建工程特点确定，一般可以分部分项工程费的10%～15%为参考。施工过程中由发包人掌握使用，扣除合同价款调整后如有余额，归发包人。
工程预算由于工程建设涉及面广和其本身所具有的复杂性，在其建设过程中，不可避免地发生设计变更、材料设备变更等多种引起工程预算变化的情况。对于采取中标价从签证作为结算方式的工程，更应注意增减费用的审查。应注意设计变更的审查。设计变更单是设计单位在施工中发现需要变更的部位，或是由于建设单位需要改变使用功能、装修标准等而发出的变更通知单。它应是由设计单位、建设单位、施工单位、监理单位协商后共用签署的。审查设计变更时，一要应查验手续是否完备；二要判定该项变更是否引起经济利益上的增减变动，因为有的变更只是技术变更，并不引起经济变更。还要注意查阅竣工图，因为对于工程量增加而引起费用增加的项目。
通过相应的政策改变可以控制整体工程的造价，我国目前的设计费用是由工程总体造价来决定的，设计人员会从工程总体造价中抽取一定百分比的酬劳，这项政策是建筑行业一直以来的一个弊端，对控制工程预算十分不利，许多设计人员会因此通过不合理的材料采购或者故意进行高额的工程预算预算来提高工程预算，政府和相关的企业可以通过一系列的奖励和惩罚措施。另外，在审计的过程中，也要对设计人员的设计方案进行严格审查，发现不合理的地方要及时纠正，对于故意抬高工程预算的设计方案要坚决淘汰，这样才能体现出工程审计的作用，审计人员一定要尽职尽责，尽可能的保证工程质量的同时降低工程预算的成本。在具体的设计施工前双方会签订有效的施工合同，在之后的设计方案评选中，相关部门会对有关的图纸设计文件进行严格的审查。加大审查力度的同时，可以提高设计人员的自觉意识。