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施工单位施工过程中对技术资料的未能完整归档或有意不建档，造成建设单位在工程竣工后无法建立完整的工程资料档案并按要求报送工程结算所需资料，从而使审计工作周期拉长、风险加大。这个问题也的确存在。不过，按照一般的情况，审计周期是按提供完整的资料开始计算的。除非你自己的要求没有到位，那也怨不得别人。什么叫风险加大？是你审计费用不够用了吧？既然做了审计这个行业，就要有这个思想准备，否则人家建设单位为什么出钱给你啊！建设单位缺乏工程技术专管人员和工程技术专业知识或工程技术人员职业道德水准不高，造成工程项目施工中不合规的变更签证增多，从而使得工程预算随意增大。
工程预算由于间接费、利润、税金等各项费用，是按照工程的专业（土建、安装、装饰、市政、人防、园林等）和工程类别（即按照施工难易程度分一、二、三、四类）分别规定了取费标准，审查时应该注意以下几个问题：审查取费标准是否与所用定额相匹配。在编制决算时，主体工程选用某专业定额，则取费标准必须选用与该专业配套使用的标准审查取费标准是否与工程类别相吻合。首先，根据工程规模及工程类别划分标准表，确定工程类别；然后，审查是否按确定的工程类别计取费用。如土建工程与安装工程的工程类别应分别按各自的工程类别划分标准表确定。
通常的工程预算分析方法有：
（1）单方造价指标法。通过对同类项目的每平方米造价的对比，可直接反映出造价的准确性。
（2）分部工程比例。基础、混凝土及钢筋混凝土等各占定额直接费的比例。
（3）专业投资比例。土建、电气、采暖通风等各专业占总造价的比例。
（4）工料消耗指标。分析主要材料每平方米的耗用量的分析。
道路工程内容
a)路基、路面、桥涵、防护、临时工程等章节主要内容基本一致。
b)公路预算定额含有完整的交通工程及沿线设施定额，包括、监控收费、通信、供电照明、绿化工程等内容，而在市政定额中，设备的多用材料费（实际领用甲方材料数量减结算用量的差量乘甲方供应材料超量扣款单价）。同时，要对甲供材料、设备的多领和少领数量也应引起足够重视；多领和少领数量要与现场工程师一起核对确认，并要对其少领和多领原因进行分析，通过分析，进一步验证结算数量的正确性。材料价差严格按材料限价调整。
工程量清单计量一般是根据每月完成的合同内实物工作量经监理工程师签认合格准予计量的工程细目，它有阶段性、按实计量的特点。根据这个特点，应在过程中来进行控制，而不是依靠事后发现超计量以后再扣回。工程预算计量人员（工地监理组、指挥部或总监办的工程部、计划部）均应认真学习合同文件和招标文件中的计量条款，心中应明确哪些项目可以计量，哪些项目不能计量，属于包含在其他工程项目中的内容（例如：涵洞计量是以延米综合单价计量的，因此其挖基、回填、清淤、基础垫层、出入口铺砌等均不能单独计量。
